这部歌剧的序曲非常有名，用奏鸣曲形式写成。 整个序曲就好象是一股源源涌出的水流，象征着光明和美好的生活。

　　《魔笛》第二幕中的一个主题曾被西班牙吉它作曲家、演奏家索尔改编为吉它独奏曲《魔笛主题变奏曲》，成为吉它演奏的最经典曲目之一。